Auditorías internas

Buenos días,
Necesito ayuda para enfocar las auditorías internas en mi empresa.
Hasta ahora habíamos planificado las auditorías internas trimestralmente, comunicando a todos los empleados el plan de auditoría unos quince días antes y realizando la auditoría con un planteamiento similar al de las auditorías de seguimiento y certificación, aunque con un grado de análisis mayor puesto que al preparar la auditoría se podía recoger más información previa.

Entiendo que con este método no se interfiere en el funcionamiento de la empresa, pero dirección me pide que se utilice un método menos intrusivo.

Alguna idea al respecto?
Muchas gracias por vuestra atención